As isenções de IMI estão previstas no Estatuto dos Benefícios Fiscais (EBF), mas também em legislação dispersa, caso dos partidos políticos, para os quais a isenção está prevista na Lei do Financiamento dos Partidos Políticos, ou da Igreja Católica, em que o benefício deriva da concordata assinada com o Estado português. Eis uma lista não exaustiva:

# Partidos Políticos

A Lei do Financiamento dos Partidos Políticos estabelece que estes estão isentos de IMI sobre o valor tributável dos imóveis ou de parte de imóveis de sua propriedade e destinados à sua actividade. Perdem o direito ao benefício se não forem a eleições e se tiverem menos de 50.000 votos, a menos que consigam representação parlamentar;

# Igreja Católica

Na sequência da Concordata, assinada entre o Estado Português e a Igreja Católica, entendimento expresso nas circulares internas referidas é o de que estão isentas de IMI as residências dos eclesiásticos, "quer sejam residências paroquiais, episcopais ou de congregações religiosas, Institutos de Vida Consagrada e Sociedades de Vida Apostólica". São igualmente abrangidos os imóveis afectos a lares de estudantes, a casas de exercícios espirituais e a formação de religiosos, desde que, em qualquer dos casos, estejam integrados em estabelecimentos destinados à formação eclesiástica ou ao ensino da religião católica, e, ainda, os imóveis pertencentes a pessoas jurídicas canónicas e cedidos gratuitamente a instituições particulares de solidariedade social ou a estabelecimentos de ensino.

De fora da isenção ficam os "prédios adquiridos para rendimento pelas pessoas jurídicas canónicas, estando ainda os respectivos rendimentos auferidos sujeitos a IRC, independentemente da sua afectação";

# Associações religiosas

Beneficiam de isenção independentemente da religião ou culto a que se dediquem desde que lhes seja reconhecida personalidade jurídica. Não pagam IMI pelos templos ou edifícios exclusivamente destinados ao culto ou à realização de fins não económicos com este directamente relacionados;

# Estados estrangeiros

A isenção abrange os prédios das representações diplomáticas ou consulares, mas apenas se houver reciprocidade, isto é, se nos respectivos países as representações portuguesas tiverem idêntico tratamento;

# Instituições de segurança social e de previdência

Não pagam relativamente aos prédios ou partes de prédios que se destinem directamente à realização dos seus fins;

# Sindicatos e associações profissionais

O EBF põe no mesmo conjunto as associações sindicais e as associações de agricultores, de comerciantes, de industriais e de profissionais independentes. Estão isentos de IMI quanto aos prédios ou parte de prédios que destinem directamente à realização dos seus fins;

# Pessoas colectivas de utilidade pública administrativa e as de mera utilidade pública

Será o caso, por exemplo, de associações, fundações ou cooperativas. Não pagam imposto sobre os imóveis que destinem directamente à realização dos seus fins;

# Instituições particulares de solidariedade social

No geral beneficiam de isenção no que toca aos prédios destinados directamente à realização dos seus fins. No entanto, as Misericórdias têm um estatuto diferente e expressamente previsto na lei, abrangendo o beneficio quaisquer imóveis de que sejam proprietárias;

# Zona Franca da Madeira

O EBF estabelece uma isenção de IMI para as entidades licenciadas ou que venham a ser licenciadas para operar no âmbito institucional da Zona Franca da Madeira e da Zona Franca da ilha de Santa Maria. Estão abrangidos os imóveis destinados directamente à realização dos seus fins;

# Escolas privadas

Também os estabelecimentos de ensino particular, desde que devidamente integrados no sistema educativo, não pagam IMI. Aplica-se mais uma vez a regra geral de que só são abrangidos os prédios destinados directamente à realização das suas funções;

# Associações desportivas e as associações juvenis

Desde que legalmente constituídas não pagam IMI sobre os prédios onde desenvolvem os fins para que foram criadas;

# Sociedades de capitais exclusivamente públicos

Neste caso, apenas estão abrangidos os prédios cedidos a qualquer título ao Estado ou a outras entidades públicas, no exercício de uma actividade de interesse público;

# Associações não lucrativas e de utilidade pública

É o caso de colectividades de cultura e recreio, organizações não governamentais e outro tipo de associações. Estão isentas relativamente aos prédios utilizados como sedes mas desde que a assembleia municipal respectiva delibere nesse sentido;

# Monumentos nacionais e prédios classificados como de interesse público ou de interesse municipal;

# Entidades públicas empresariais responsáveis pela rede pública de escolas

Também estas quanto aos prédios ou parte de prédios destinados directamente ou indirectamente à realização dos seus fins;

# Abastecimento e saneamento de águas