O Governo autorizou o pagamento à CP por indemnização compensatória, "pelo cumprimento das obrigações de serviço público de transporte ferroviário de passageiros", de 80 milhões de euros, podendo haver acertos no ano seguinte em resultado do contrato de serviço público.

De acordo com a resolução do Conselho de Ministros, publicada em Diário da República, 

"as compensações financeiras visam assegurar que a oferta dos serviços definidos e impostos à CP é financeiramente sustentável e proporciona um adequado nível de qualidade e de segurança, tendo em vista a promoção do acesso universal, a coesão territorial e os direitos dos utilizadores".

Carlos Nogueira, presidente da CP, tinha calculado em 90 milhões de euros as necessidades anuais da empresa. Com este valor, sustentou no Parlamento, a empresa conseguiria resultados líquidos positivos.

A CP não recebe indemnização desde 2015. Em 2014, último ano em que a recebeu, o montante transferido pelo Estado foi de 17,8 milhões de euros, uma quebra de 47,3% face aos 33,8 milhões de euros recebidos pela CP em 2013. 

A indemnização compensatória foi determinada ao mesmo tempo da aprovação do decreto-lei que estabelece as regras gerais aplicáveis a todos os operadores de transporte ferroviário de passageiros. A CP deverá manter-se por 15 anos (10 anos com probabilidade de extensão a mais cinco anos) como "operador interno". Falta a celebração do contrato de prestação de serviço público.

Só a existência de um contrato de serviço público na CP, que especifique indicadores objetivos de operação e obrigações de serviço público, é que permitirá intervenção do regulador dos transportes em matérias como as que têm motivado queixas dos utentes contra a empresa. 

A 1 janeiro de 2019 o setor ferroviário na Europa ficou liberalizado, mas a CP fica, assim, com uma reserva de prestação de serviços. Entre 2019 e 2023 será permitido o ajuste direto a empresas ferroviárias existentes, mas a partir desse ano o mercado ficará completamente aberto.