Esta mudança tornou-se notória quando em Abril de 2016 o Governo de António Costa aprovou um decreto-lei sobre a desblindagem de estatutos em instituições financeiras, interpretado como um diploma à medida dos espanhóis do CaixaBank para os ajudar na disputa com a Santoro, de Isabel dos Santos, pelo controlo do BPI. O CaixaBank possuía 44,1% do BPI, mas só podia votar com 20% do capital, enquanto a Unitel (controlada pela empresária) detinha 18,5% do banco, circunstância que lhe permitia bloquear as pretensões dos espanhóis.

À data, o protesto da Santoro, "holding" pessoal de Isabel dos Santos, foi veemente. A "holding" da empresária angolana acusou o Governo de tomar "uma medida historicamente sem precedentes e declaradamente parcial com a aprovação de um decreto-lei [identificado como o 'diploma do BPI'] que favorece uma das partes, no momento em que estas se encontravam em pleno processo negocial". Uma visão contrariada pelo primeiro-ministro, António Costa, segundo o qual existiam então oito instituições financeiras naquelas condições, sendo uma delas o BCP.


O caso acabou em Dezembro de 2016 com a saída da Unitel do BPI, ficando em contrapartida com a maioria do capital do Banco Fomento Angola, que até então era controlado pelo BPI. Ganhou em Angola, perdeu em Portugal.

Na qualidade de presidente da Sonangol, Isabel dos Santos teve também de abdicar do estatuto que a petrolífera angolana tinha de maior accionista do BCP, cedendo esta posição à Fosun. Em Novembro de 2016, o grupo chinês garantiu 16,75% capital daquele banco, com a possibilidade de chegar a uma posição de 30% (actualmente tem 24%), enquanto a Sonangol manteve uma participação de 14,87%.


Pelo caminho, teve ainda sobressaltos numa outra instituição financeira, o Banco BIC Português. O Banco de Portugal não concedeu o registo de idoneidade a alguns dos nomes escolhidos para a administração do banco, entre os quais Jaime Pereira, que tinha sido escolhido para presidente executivo. A situação levou a que Isabel dos Santos e Fernando Teles, o outro principal accionista do banco, tivessem de procurar alternativas, o que se consubstanciou na escolha, em Maio de 2016, de Teixeira dos Santos, ex-ministro das Finanças de José Sócrates, para liderar o banco. Já em Julho deste ano, o Banco BIC viu-se obrigado a mudar a sua designação, em resultado de uma acção colocada pelo banco BIG, que alegava semelhanças na marca e na imagem. O tribunal deu razão ao queixoso e o Banco BIC mudou a sua marca para EuroBic.

Ainda assim, Isabel dos Santos, tem posições de relevo em Portugal. É a maior accionista da Efacec; lidera conjuntamente com a Sonae a operadora Nos; é a maior accionista do EuroBic; e tem o exclusivo para Portugal da revista Forbes. Enquanto presidente da Sonangol é responsável pelas participações que a petrolífera detém no BCP e na Galp, esta de forma indirecta, através da Amorim Energia. Em Portugal tem sido notícia, sobretudo, por liderar a Sonangol e pelo envolvimento político nas questões do seu país. Manteve polémicas acesas, através do Twitter, com os activistas angolanos Rafael Marques e Luaty Beirão, e tem dado um apoio expressivo ao candidato a sucessor do seu pai enquanto Presidente de Angola e do MPLA, o ministro da Defesa, João Lourenço.


A sua acção estendeu-se com críticas ao Expresso, do grupo Impresa, tendo como pano de fundo notícias que considerou falsas, tanto sobre as dificuldades financeiras da Sonangol como o estado de saúde do seu pai. Críticas extensíveis à SIC, do mesmo grupo, canal que deixou de ser distribuído pela Zap, operadora de cabo angolana controlada por Isabel dos Santos, depois da transmissão de reportagens críticas do regime de Luanda. A empresária contraria esta versão, alegando que a suspensão das transmissões da SIC se deveu "à inconfessável ganância comercial" do seu proprietário, Francisco Pinto Balsemão.

Apesar destes revezes, tem duas chaves mestras do tecido empresarial português: as posições da Sonangol na Galp e no BCP, dois pesos-pesados do PSI-20, e só esta circunstância é um reservatório de poder que pode usar de acordo com as suas conveniências.

Segundo a revista Forbes, Isabel dos Santos mantém o estatuto de mulher mais rica de África com uma fortuna avaliada em 3,1 mil milhões de dólares, o que lhe dá direito a ocupar o lugar 630.º numa lista total de 2.043 multimilionários.