O Tribunal de Contas (TC) encontrou dívidas de 2,4 milhões de euros à APL, sendo que a mais elevada estava estimada em 1,3 milhões de euros por parte da Direcção-Geral das Pescas e Agricultura.

Segue-se a Docapesca, com uma dívida de 924 mil euros e a Refer com 442 mil euros. A Câmara de Oeiras deve 362 mil euros e a autarquia de Lisboa 296 mil euros. O TC fala ainda de uma dívida de 462 mil euros da Lisboagás, salientando também que há cerca de mil clientes da APL com dívidas com uma antiguidade superior a um ano. Estes valores, segundo o TC, referem-se a Janeiro de 2007 e são "evidencia que a empresa não é suficientemente eficaz na cobrança das dívidas de terceiros".

O TC é ainda crítico quanto às condições em que a foram construídos os edifícios das Agências Europeias, porque o estado transferiu o ónus financeiro da decisão para a APL, que terá que custear os 32,2 milhões de euros do projecto.

O relatório do TC "sublinha a patente confusão, por parte do Estado, entre a sua função Executiva e a de accionista da APL."