A ausência de contratualização do serviço público, a omissão do Estado na definição de linhas de orientação estratégica formalizadas, a não fixação de metas de gestão aos gestores, o subfinanciamento crónico da empresa e atrasos na realização de vários pagamentos, são algumas das responsabilidade do Estado na situação de "falência técnica" (mas não efectiva por ser uma empresa pública) da CP que é denunciada pelo Tribunal de Contas, numa auditoria entre 2002 e 2004.

A CP acumulou entre 2002 e 2004 prejuízos de 741 milhões de euros. Entre 2002 e 2004, os prejuízos operacionais alcançaram os 490 milhões de euros, "consequência não só do insuficiente aprovisionamento do Estado pelas obrigações de serviço público, acrescido da inerente fixação administrativa dos preços do transporte, mas também algumas ineficiências na exploração das diferentes áreas de negócio".

Só o atraso de dois anos na realização do aumento de capital de 599 milhões de euros, aprovado em 1998, "custou" 15 milhões de euros em encargos financeiros, ao obrigar, segundo a CP, a recorrer ao crédito.

Em indemnizações compensatórias, e em 2004, o Estado transferiu 27% do pedido pela empresa. No entanto, para o TC "urge, mais do entradas líquidas de dinheiro, reestruturar economicamente a empresa".

A dívida da empresa cresceu, atingindo 2.395 milhões de euros em Abril de 2005 e representando encargos financeiros de 230 milhões de euros entre 2002 e 2004, que são uma factura do contribuinte. Dos 315 milhões de euros investidos, cerca de 200 milhões foram financiados com crédito bancário.

O número de efectivos recuou 11%, mas os custos inerentes só caíram 4%.

Defesa, Administração Interna e Justiça devem 17 milhões

Outra falha do Estado é o sistemático atraso no pagamento das dívidas de entidades públicas – Ministério da Defesa, Administração Interna e Justiça – do transporte gratuito ou bonificado de funcionários. Esta dívida ascendia a 17 milhões de euros em 2004 "contribuindo para o agravamento das dificuldades financeiras da empresa".

A própria CP demora em média 97 dias a pagar as seus fornecedores, sem juros de mora, desrespeitando a lei 32/2003.