A Refer já detém uma dívida financeira superior a cinco mil milhões de euros e um capital próprio negativo de mais de 1,5 mil milhões de euros, resultado de anos de prejuízos acumulados. A empresa liderada por Luís Pardal registou em 2008, segundo o relatório e contas da Refer, um prejuízo de 181 milhões de euros, pior do que os 162,7 milhões de 2007.

O problema está sobretudo nos resultados financeiros da gestora das infra-estruturas ferroviárias, que pioraram em 22 milhões de euros, de 2007 para 2008, sendo que a Refer recorda que este item deve incluir ainda os encargos relativos aos investimentos em infra-estruturas de longa duração.