O Tribunal de Contas criticou também as regalias do Conselho de Administração, chefes de divisão e directores da APL, que, além das remunerações têm direito a utilizar "viaturas de serviço para uso pessoal e respectivo pagamento de combustíveis, estacionamentos e portagens, até um limite plafonado".

Estas viaturas são trocadas de três em três anos. No total, a APL gasta 829,1 mil euros com os carros. O TC diz que "apenas se faz referencia a estes complementos remuneratórios porque os seus custos para esta empresa pública, fortemente endividada, são significativos".

O TC adianta ainda no seu relatório que a mudança constante nas administrações da APL é prejudicial para a empresa, liderada por Manuel Frasquilho. O TC sublinha que entre 2002 e 2005 foram nomeados três conselhos de administração e que os gestores nomeados em 2004 ficaram na empresas apenas 11 meses, tendo sido dispensados "sem que houvesse referência a qualquer desempenho menos satisfatório", Com efeito, o trabalho dos gestores foi mesmo elogiado.

O TC adianta mesmo que "tal rotatividade traduziu-se em instabilidade", nomeadamente a nível das chefias intermédias.