João Paulino foi condenado a seis anos de prisão pelo crime de terrorismo e a cinco anos e seis meses de prisão pelo crime de tráfico de estupefaciente, resultando, em cúmulo jurídico, na pena única de oito anos de prisão.

João Paulino foi acusado pelo Ministério Público, num despacho confirmado pelo juiz de instrução criminal, de seis crimes: detenção de cartuchos e munições proibidas e, em coautoria com outros arguidos, de dois crimes de associação criminosa, um crime de tráfico e mediação de armas, um crime de terrorismo e outro de tráfico e outras atividades ilícitas.

Em sede de alegações finais, o Ministério Público tinha pedido para João Paulino uma pena de prisão, em cúmulo jurídico, a "rondar os nove a 10 anos, no mínimo" e a pena acessória de cassação da licença de uso e porte de arma por um mínimo de dois anos.

O procurador da República Manuel Ferrão sublinhou a gravidade dos factos em causa neste processo, frisando que o armamento furtado dos paióis de Tancos não se destinava a crime comum, mas tinha "fins muito mais específicos", destinando-se a "criminalidade altamente organizada ou grupos de terroristas".

Além do crime de terrorismo, o procurador considerou ter ficado provado que o ex-fuzileiro João Paulino cometeu o crime de tráfico de estupefacientes, por ter na sua posse 14 quilogramas de droga, com um valor superior a 90 mil euros, e igualmente o crime de detenção de cartuchos e munições proibidas, se bem que tenha devolvido este material já depois de iniciado o julgamento.